Los órganos de gobierno del Ayuntamiento de Alquézar son:
- La Alcaldesa
- Los Concejales
- El Pleno, compuesto por la Alcaldesa y los concejales.
- La Comisión Especial de Cuentas (1)
(1)Nota. Tras la constitución de las Corporaciones Municipales resultantes de las Elecciones Locales debe procederse, entre otras cuestiones, a la creación y constitución de la Comisión Especial de Cuentas.
En consonancia con el artículo 20 y 116 de la Ley de Bases de Régimen Local, en relación con la existencia preceptiva de la Comisión Especial de Cuentas en todas las Corporaciones Locales, el art. 28.1 c) de la Ley 7/1999, de Administración Local de Aragón, establece que la Comisión Especial de Cuentas existirá en todos los Ayuntamientos.
La Comisión estará integrada por miembros de todos los grupos políticos de la Corporación.